承接上一集的故事情节，三年前在《恐龙危机1》中历劫归来、负责研究“第三能源”的卡克博士这次获得政府的支持继续进行研究工作，并设置一座小型人工城市，但不幸的事继续降临在卡克博士身上，一整座人工城市竟然凭空消失，取而代之的却是一片寂静的史前丛林……在这突如其来的奇异状况下，蕾吉娜只好与新伙伴狄蓝再度踏上找寻博士的旅程。平静的湖面上，一道霹雳闪过之后，时空之门被打开了，一艘特种部队的小艇横空出现，去寻找古世纪恐龙复活的真相。夜晚林中露营时，遭遇群恐龙袭击，正绝望时，群龙纷纷掉头逃走，原来此时出现一超级霸王龙，射击、喊叫、撕咬、爆炸、追逐、逃亡.......男主角狄蓝和女主角蕾吉娜从昏迷中醒来时身在热带密林北侧，交谈后出发。在军事基地前地区遇到无法击败的大恐龙：就是开头是出现的那只霸王龙！三十六计走为上，只能闪人。接下来，你还将遇到神秘的黑衣人，是敌是友？暂不可知。继续探险至机械保管室，突然警报响起，怀疑狄蓝是“非法入侵者”。门也同时关闭。出于保险起见，狄蓝从门缝将钥匙扔出。现在就全看女主角蕾吉娜的了，她的任务是救狄蓝出来。蕾吉娜独自来到密林南侧。在一个坡前面遇到一只暴龙，快跑！找到自动售货电脑，购买火焰喷射器。之后，蕾吉娜也遭到黑衣人的袭击。终于逮到了其中一个，原来是一个小姑娘，蕾吉娜将她拷在管理室。回到有暴龙的那个坡前，用火焰喷射器烧死了它。紧接着蕾吉娜将只身进入毒植物区，她用火焰喷射器烧有毒胞子，最后顺利通过。出去之后，蕾吉娜再次遭到黑衣人的袭击.......历尽艰苦之后，来到狄蓝被困住的地方，把他救出。找到蕾吉娜抓住的女孩，二人一同来到船上。发现动力设备已经损坏，必须找到替代品。于是狄蓝来到港口，突然，一只特小的恐龙叼走了开门用的钥匙！一场猫捉老鼠的游戏上演了，狄蓝必须不用武力而使用智慧解决这个难题，把小恐龙赶回笼子里并夺回磁片。狄蓝拿到替代的动力设备回到船上，那个黑衣女孩已经逃掉了。正要开船，忽然听蕾吉娜尖叫！——无数条蛇颈龙与翼龙疯狂的追来，一场大战在所难免.......